,можно попробовать убрать сварочный шов на состыкованном вторичном и первичном валах при помощи резца на токарном станке или болгарки и разобрав соединение сварить его повторно с нужной длиной вала
Теоретически можно, но не зная каким образом состыкованы валы этот вариант советовать не стал.
для более точного определения причины ошибки нужны фотографии что не стыкуется в сборочном узле.
Тут вариантов не много: или валы отрезаны короче чем нужно, или же плита выточена толще, но мне кажется первый вариант реальнее. При стыковке валов таким образом толщину проставки между КПП лучше бы было определять уже после стыковки валов или же предусмотреть возможность регулировки при помощи прокладок на случай погрешностей при изготовлении.